Природные условия Ильменского заповедника характеризуются богатством различных ассоциаций растительных сообществ, хорошо сохранившимися лесами, сложным рельефом, наличием большого количества озер и речек, обусловливающих достаточное увлажнение, отсутствие активной деятельности человека создают благоприятные условия для развития грибной флоры. 
 Появление грибов и их распространение находится в тесной зависимости от многих факторов окружающей среды и погодных условий. 
 В горно-хребтовой части в большом количестве встречаются сумчатые и несовершенные грибы, из базидиомицетов – ржавчинные и полипоровые, в незначительных количествах встречаются представители семейства Agaricaceae, но изобилуют различные виды гастеромицетов. В весенний период развиваются многие ржавчинные, сумчатые и др. грибы. В летний же период при повышении температуры и понижении влажности, развитие грибов затухает. Лишь вторая половина лета и первый весенний период характеризуются новым и наиболее сильным развитием и появлением многих видов и форм грибов.
 В низинных участках рельефа эта закономерность менее резко выражена. По мере понижения рельефа, изменения экологических условий в сторону увеличения влажности и изменений в составе растительности микофлора развивается интенсивнее. Наибольшего развития достигает микофлора в понижениях, в местах приречных и приозерных долин, где достаточное количество влаги в течение всего вегетационного периода. В этих условиях преобладают базидиальные грибы.

 Сведения о грибах этой территории очень ограничены. Первый предварительный список видов, где приводится около 100 видов афиллофоровых грибов был сделан Н. Т. Степановой (Степанова-Картавенко, 1961). Есть упоминания о некоторых видах грибов заповедника в монографии Степановой-Картавенко (1967). Наиболее полный список видов агариковых грибов приводится в 1977 г. Степановой Н. Т. и Сирко А. В. (Степанова, Сирко, 1977).

 Работы по изучению сукцессий дереворазрушающих грибов проводились в сосняке зеленомошно-ягодниковом Мухиным В. А. (Мухин, 1977). Начальные этапы гниения древесины в сосняках зеленомошно-ягодниковых реализуют несовершенные грибы (всего приводится 10 видов.), на смену которым приходят дереворазрушающие, относящиеся к порядку Aphyllophorales.

Афиллофоровые грибы Ильменского заповедника (количественный и качественный состав грибной флоры, сезонность, ритм развития и их приуроченность к субстратам) изучались на постоянных пробных площадках в период 1971-1973 гг. (Степанова, Сирко, 1977). Исследования проводились в различных точках заповедника. Основная масса видов приурочена к валежной и сухостойной древесине и веточному опаду сосны, березы, лиственницы, ольхи, ивы, черемухи, рябины и других древесных и кустарниковых пород, т. е. это в основном сапрофитная флора. Грибов-паразитов среди афиллофоровых на территории заповедника встречается немного (Phellinus pini, Phaeolus schweinitzii, Phellinus igniarius). Богаты грибами поймы речек и ручьев и территории, прилегающие к озерам, где наибольшее количество валежа и сухостоя и сохраняется оптимальная для грибов влажность. Детальное изучение афиллофоровых грибов в зеленомошно-ягодниковых лесах различного возраста показало, что более богатый видовой состав грибной флоры представлен в более молодой возрастной группе сосняков. Это обусловлено лучшей освещенностью, прогреваемостью почвы, меньшей сомкнутостью травяного покрова, наличием большого количества опада и отпада, т. е. захламленностью и примесью лиственных пород в древостое и подлеске. Наибольшим числом видов грибов в заповеднике представлены семейства: Corticiaceae (64 вида) Clavariaceae (36 видов) и Hydnaceae (27 видов).