Всего в озерах заповедника обитает в настоящее время 13 видов рыб, относящихся к 6 семействам.

Три вида (сиг чудской, лещ, судак) акклиматизированы на Урале, а два вида (ротан-головешка и пескарь) – результат стихийной акклиматизации, остальные виды – аборигены.